不论是GCMS还是LCMS，他们同属于生化生理检测服务，不同的是代测检测的时候使用的仪器以及原理会有所不同；气相质谱与液相质谱最大的区别是一个是以液态为主，另一个则是以气态为主。首先液相在实验室中的应用非常广泛的，检测器也有好几种，但是大多是紫外检测。而气相主要用于一些辅料及残留溶剂的检测。气相分析方便的，大分子的，高沸点的一般用液相，也就是气相分析不了的用液相，质谱就是东西结构的，前提是分离的好，而且气质的电离源是真空电离源，液质的电离源是常压电离源 这也是一个区别，并且气相质谱主要测得是一些易挥发性和半挥发性的物质，而液相质谱的是难挥发性的物质。所以他们的区别还是较多的。再说GC和LC是因为沸点的造成的问题，主要区别就是离子源的问题，LCMS常见的离子源是esi源，是软电离，一般保留分子离子峰，也就是分质量最大的那个绝大多数都是分子离子峰，但GCMS就不一样了，用到的是ei源，是70ev电压轰击样品，样品一般都是20ev左右，属于硬碰撞，所以几乎看不到分子离子峰，都是碎片峰。
